É comum recomendar-se cuidado na adubação nitrogenada no cultivo protegido, seja em fertirrigação, seja em hidroponia ou mesmo em solo, para se evitar excessos que favoreçam o crescimento vegetativo (excesso de folhagem) em detrimento do crescimento reprodutivo (produção propriamente). Mas nem toda forma de nitrogênio "agirá" igualmente.
As plantas podem absorver nitrogênio em duas formas iônicas: amônio (NH4+, cátion) e nitrato (NO3-, ânion). O amônio, presente por exemplo no MAP e no sulfato de amônio, encontra-se já em uma forma quimicamente reduzida, de forma que uma vez absorvido, pode ser imediatamente usado na síntese de aminoácidos e outros compostos orgânicos. A absorção excessiva de amônio pode levar crescimento vegetativo exagerado, principalmente sob condições de baixa luminosidade.
A forma nítrica, por outro lado, deve ser reduzida a amônio antes de ser assimilada, o que retarda o crescimento vegetativo, entre outras coisas por representar um gasto energético para a planta. Assim, em termos de manejo, é recomendado dar preferência ao uso de quantidades maiores de amônio em períodos e locais de alta luminosidade ou quando há deficiência de nitrogênio e uma fonte de rápida disponibilidade é necessária.
Durante o processo de nitrificação (oxidação do amônio), há evidências de que as bactérias oxidadoras de nitrito (uma forma de N intermediária entre amônio e nitrato) sejam mais sensíveis a baixas temperaturas do que as bactérias que oxidam o amônio, havendo o risco de acúmulo de nitrito em temperaturas mais baixas. Como o nitrito é reconhecidamente tóxico para as plantas, a utilização de fontes amoniacais de nitrogênio em climas ou épocas mais frios deve ser feita com cuidado.
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