O cultivo protegido de hortaliças, inclusive de tomate cereja, em solos apresenta uma série de especificidades que o diferenciam muito do cultivo em campo aberto. Uma das principais diferenças é que em cultivo protegido há pouca ou nenhuma entrada de água de chuva. A água que entra no sistema provém quase que unicamente da irrigação, que muitas vezes é feita via irrigação localizada, como gotejamento, por exemplo. Como as doses de adubo são normalmente altas, há uma tendência de acúmulo de sais em superfície, aumentando a condutividade elétrica da solução do solo. Na verdade, independentemente das condições de solo e clima, a salinização de solos sob cultivo protegido é quase inevitável. Além dos problemas de toxidez, o excesso de salinidade pode trazer problemas físicos, biológicos e nutricionais.
A correção destes problemas é difícil e cara. Em geral, para se corrigir o excesso de nutrientes em solos cultivados sob ambiente protegido, são necessárias lâminas de irrigação em excesso, com água de boa qualidade, para que os nutrientes sejam lavados e levados para longe do sistema radicular, processo que chamamos de lixiviação. Para que essa técnica seja realmente eficiente, a irrigação em excesso deveria estar associada a um sistema de drenagem. Muitas vezes não há disponibilidade de água em quantidade nem qualidade suficiente para que isto possa ser feito. Mesmo que possa ser feito, não se garante que o problema não venha a se repetir posteriormente. Além disso, cria-se o problema de disposição deste resíduo salino, caso não haja um sistema que permita o reuso da água.
A condutividade elétrica da solução do solo é geralmente mais alta do que a condutividade elétrica da água de irrigação, tendo em vista a dificuldade em se lixiviar os nutrientes no solo, devido à tortuosidade e à estreiteza dos poros do solo. Por outro lado, a maior parte dos substratos utilizados no cultivo sem solo permite uma rápida lixiviação, permitindo um melhor controle da condutividade elétrica da solução nutritiva. Assim, a condutividade elétrica da zona das raízes no cultivo em substrato pode ser mais baixa e facilmente controlável do que no solo, sob condições de irrigação semelhantes, diminuindo muito o risco por problemas de salinização.
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